Školy a další vzdělávací instituce jsou často místy, kde jsou LGBT lidé vystaveni negativním zážitkům a zkušenostem, což dokládá i výzkum kanceláře veřejného ochránce práv z roku 2018. Jedná se například o různé projevy zesměšňování, vyhrožování a šikany ze strany spolužáků a spolužaček. To ostatně dokládá i výzkum Agentury EU pro základní práva (FRA) mezi českou LGBT skupinou, kdy byla pociťovaná diskriminace v prostředí vzdělávacích institucí identifikována jako nejčastější ze všech. MŠMT tak chce vyvěšením duhové vlajky symbolicky podpořit všechny LGBT žáky a studenty v českém školství, kteří v životě řeší otázku své vztahové orientace či identity.
Duhovou vlajku vyvěšují veřejné instituce v době konání festivalu Prague Pride. Ten se koná již tradičně v srpnu, a to už od roku 2011. Festival stojí na základních principech lidských práv a respektu k rozmanitosti.
