Projekty Podunajské strategie jsou zpravidla financovány ze stávajících finančních zdrojů Evropské unie. Významným zdrojem financování makroregionálních projektů je program Erasmus+. Dále jsou využívány evropské strukturální a investiční fondy, jako je například Evropský sociální fond (ESF), z něhož mohou být podpořeny projekty zaměřené na sociální inkluzi, boj s chudobou, kvalitní vzdělávání a odbornou přípravu a celoživotní učení. Více informací o aktuálních možnostech financování naleznete ZDE.