Vyčíslená chyba ve výši 90 mil. Kč v účetnictví za rok 2012 byla způsobena pouze nesprávným zařazením účetních položek. Vzhledem ke stanovené hladině významnosti byla chybovost velmi malá. Převážná část zjištěných pochybení ve výši 66 mil. Kč byla opravena počátkem roku 2013. Ke zbývajícím pochybením byla přijata taková preventivní opatření, která minimalizují riziko jejich opakování.
Nejvyšší kontrolní úřad také zmiňuje účetní případy ve výši přesahující 49 mld. Kč, které nemohl zkontrolovat, respektive se k nim nemohl vyjádřit. Ne však proto, že MŠMT tyto případy nezaúčtovalo, ale proto, že bez chybějících jednoznačných právních předpisů, zejména účetních standardů, nemůže být ze strany NKÚ učiněn výrok o správnosti použitých účetních postupů. Existence takovýchto případů není dávána k tíži MŠMT, naopak MŠMT má vypracovánu celou řadu interních předpisů a postupů pro oblasti legislativou neupravené.
Zmiňované nejasnosti a nedostatky v právních předpisech mohou způsobit potíže také u jiných rezortů státní správy a proto se MŠMT pokusí vyvolat s MF diskusi k nutnému dopracování právních předpisů v oblasti účetnictví tak, aby všechny organizace veřejné správy mohly účtovat ve vzájemné shodě.
Kladně byl ze strany NKÚ hodnocen aktivní přístup MŠMT k celé kontrolní akci, zejména pak k průběžně prováděným opravám a přijímaným opatřením.
Vzhledem k velice nízké chybovosti NKÚ neplánuje provést kontrolu pro rok 2013.
