Odbor pro mládež MŠMT je věcně příslušným odborem k několika projektům financovaným z Evropského sociálního fondu v rámci Operačního programu vzdělávání pro konkurenceschopnost. Jedná se o Individuální projekty národní Klíče pro život - Rozvoj klíčových kompetencí v zájmovém a neformálním vzdělávání a K2 - Kvalita a konkurenceschopnost v neformálním vzdělávání. Projekty realizuje MŠMT ve spolupráci s Národním institutem dětí a mládeže.
Po zrušení NIDM k 31. 12. 2013 je od ledna 2014 spolurealizátorem projektu K2 – Kvalita a konkurenceschopnost v neformálním vzdělávání Národní institut pro další vzdělávání (www.nidv.cz).
