Projekt EF-TRANS je zaměřen na relativně širokou škálu výzkumných institucí: vysoké školy dle zákona 111/1998 Sb. (veřejné, státní i soukromé) a také na veřejné výzkumné instituce, respektive na vědecko-výzkumné instituce, které splňují podmínky Rámce Společenství pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací. Cílovou skupinou v rámci výše uvedených institucí jsou akademičtí a vědečtí pracovníci a taktéž studenti, a to především doktorských studijních programů. Se zapojením vybrané části cílové skupiny se počítá po celou dobu projektu. Největší zapojení cílové skupiny je plánováno v rámci vzdělávacích aktivit. Celkově se počítá se zapojením nejméně 600 osob. Nepřímou cílovou skupinou, která bude profitovat z realizace projektů, jsou také pracovníci aplikační sféry a pracovníci regionálních orgánů.