Podle § 18 odst. 7 až 10 zákona č. 111/1998 Sb. ve znění zákona č. 342/2005 Sb. veřejná vysoká škola vytváří fond účelově určených prostředků mimo jiné i z účelově určených veřejných prostředků, včetně prostředků účelové a institucionální podpory výzkumu a vývoje, které nemohly být veřejnou vysokou školou použity v rozpočtovém roce, ve kterém jí byly poskytnuty. Účelově určené prostředky může veřejná vysoká škola převést do fondu účelově určených prostředků do výše 5 % objemu účelově určených veřejných prostředků poskytnutých veřejné vysoké škole na jednotlivé projekty výzkumu a vývoje či výzkumné záměry v daném kalendářním roce. Převod účelově určených prostředků veřejná vysoká škola písemně oznámí jejich poskytovateli. Prostředky fondu účelově určených prostředků může veřejná vysoká škola použít pouze k účelu, ke kterému jí byly poskytnuty.
K zajištění jednotného postupu při aplikaci výše zmíněných ustanovení zákona o vysokých školách pro aktivity v oblasti výzkumu a vývoje, kde je poskytovatelem Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy, byly na poradě náměstka ministryně školství, mládeže a tělovýchovy Doc. RNDr. Petra Koláře, CSc. se zástupci kvestorů veřejných vysokých škol dne 16. listopadu 2005 přijaty následující závěry:
- pro využití zákonem stanovené možnosti převodu veřejných prostředků na výzkum a vývoj do fondu účelově určených prostředků není nutná změna dříve uzavřených smluv či vydaných rozhodnutí o podpoře výzkumu a vývoje z veřejných prostředků podle zákona č. 130/2002 Sb.,
- nejvyšší možný objem prostředků převáděných do fondu účelově určených prostředků se stanoví jako 5 % z celkové podpory, tedy zahrnující jak dotaci na běžné, tak dotaci na kapitálové výdaje,
- převod účelově určených prostředků veřejná vysoká škola Ministerstvu školství, mládeže a tělovýchovy písemně oznámí samostatně a předloží spolu s výkazem uznaných nákladů projektu nebo výzkumného záměru v termínu stanoveném pro předložení tohoto výkazu. Rozdíl mezi výší poskytnuté podpory a výší čerpané podpory snížený o převod účelově určených prostředků veřejná vysoká škola vrátí poskytovateli v souladu s pokynem pro finanční vypořádání vztahů se státním rozpočtem,
- v posledním roce řešení projektu nebo výzkumného záměru nelze prostředky podpory do fondu účelově určených prostředků převést, neboť by již nemohly být použity k účelu, ke kterému byly poskytnuty.
