Správní poplatek spojený s každým přijetím žádosti o udělení státního souhlasu právnické osobě působit jako soukromá vysoká škola a stanovený v sazebníku zákona č. 634/2004 Sb., o správních poplatcích, jakožto položka 22 e), pevnou částkou 25.000,- Kč, je splatný při přijetí žádosti ministerstvem.
Předložení dokladu o zaplacení správního poplatku je jednou z podmínek přijetí žádosti.
Správní poplatek je možné uhradit na účet Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy, Karmelitská 7, 118 12 Praha 1, převodem nebo složenkou. Číslo účtu : 3711 - 821001/0710. K žádosti je třeba připojit kopii dokladu o zaplacení - kopii výpisu z účtu nebo kopii složenky. Kromě toho je třeba zaslat odboru vysokých škol MŠMT avízo o zaplacení poplatku (elektronicky na adresu: nemec@msmtcz nebo faxem na číslo: 257 193 727). V něm žadatel uvede datum, kdy poplatek zaplatil, a variabilní symbol (např. IČO vysoké školy), který při platbě použil.
Nezaplatí-li poplatník poplatek, MŠMT zastaví zahájené řízení a rozhodnutí nevydá.