V programu INTER-EXCELLENCE II jsou zahrnuty tři podprogramy: INTER-ACTION, INTER-COST a INTER-EUREKA. Vyhlašování veřejných soutěží, resp. výzev k podávání návrhů projektů pro výběr projektů na mezinárodní úrovni probíhá od podzimu roku 2021. K přijímání návrhů projektů je využito elektronického podání skrze informační systém programu INTER-EXCELLENCE II – ISIX.
Podprogramy INTER-VECTOR, INTER-INFORM a INTER-TRANSFER, které byly součástí programu INTER-EXCELLENCE (I) v novém programu obsaženy nejsou. Cíle někdejšího podprogramu INTER-INFORM budou dále substituovány především skrze mechanismus projektů sdílených činností podle § 2 odst. 2 písm. e) zákona č. 130/2002 Sb. zákona o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů. Aktivity podprogramů INTER-TRANSFER a INTER-VECTOR by měly být postupně zapojeny do vlastních interních strategií výzkumných organizací, s návazným financováním např. skrze institucionální podporu na dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumných organizací. Doplňujeme, že řešení stávajících projektů v programu INTER-EXCELLENCE (I) není touto změnou nijak dotčeno.