Právě dosavadní praxe v zařazování dětí do programů speciálního vzdělávání je významným tématem kritiky České republiky ze strany nevládních a mezinárodních institucí a představuje problém, kterým se intenzivně zabývá ministerstvo školství a další vládní instituce. Rozhodování o zařazení žáka do určitého vzdělávacího programu je podle českých zákonů v působnosti jednotlivých škol.
Z šetření České školní inspekce vyplývá, že se zvyšuje snaha škol zařazovat romské děti do hlavního vzdělávacího proudu. Podíl vykázaných romských žáků ve vzdělávacím programu pro LMP (lehké mentální postižení) se v posledních dvou letech snížil o 8,6 %, což naznačuje pozitivní trend v působení aktuálně platné legislativy, tedy vyhlášky č. 147/2011 Sb., která platí od školního roku 2011/2012. Tyto změny v legislativě se výrazněji projeví teprve v následujícím školním roce, kdy budou moci být žáci zařazováni do praktických škol nejvýše na rok a po této době proběhne opět diagnostika, zda žák zařazení do tohoto typu školy odpovídá. V případě žáků se sociálním znevýhodněním se tato doba zkracuje na 5 měsíců.
Výsledky šetření dále ukazují, že podíl bývalých zvláštních škol, kde se vyučuje současně podle RVP ZV LMP (Rámcový vzdělávací program pro základní vzdělávání s přílohou upravující vzdělávání žáků s lehkým mentálním postižením) a RVP ZV (Rámcový vzdělávací program pro základní vzdělávání) se zvýšil o 19,2 %. Podle kvalifikovaného odhadu klesl podíl romských žáků na počtu všech žáků s diagnózou LMP klesl z 35,0 % na 26,4 %.
Inspekční zpráva navazuje na šetření ze školního roku 2009/2010, které bylo zaměřeno na podporu sociálně znevýhodněných žáků a romských žáků v tzv. vyloučených lokalitách. V loňském školním roce se ČŠI zaměřila na povinnost škol přednostně zajistit vzdělávání žáků bez lehkého mentálního postižení v běžných základních školách a správnost diagnostiky žáků se sociálním znevýhodněním. Údaje se týkají 41 bývalých zvláštních škol, kde proběhla následná kontrola na základě zjištěných nedostatků v předcházející inspekční činnosti, a 146 bývalých zvláštních škol, které odpověděly v rámci dotazníkového šetření.
K zásadním legislativním změnám došlo v oblasti stanovení podmínek, za kterých je možné žáka zařadit do vzdělávacího programu pro žáky se zdravotním postižením. Od 1. září 2011 musí dát k takovému zařazení žáka tzv. informovaný souhlas jeho zákonný zástupce. Šetření však ukázalo, že se stále vyskytují případy, kdy si rodiče nepřejí převést své dítě do hlavního vzdělávacího proudu, přestože jeho převedení doporučí školské poradenské zařízení. Od roku 2009 se tak 38 žáků v 15 kontrolovaných školách na základě rozhodnutím jejich zákonných zástupců vzdělává podle Rámcového vzdělávacího programu pro základní vzdělávání s přílohou upravující vzdělávání žáků s lehkým mentálním postižením, ačkoliv nemají LMP diagnostikováno.
Na základě zjištění ČŠI a doporučení veřejného ochránce práv z července 2012 přistoupí ministerstvo k dalším systémovým opatřením, která mají posílit implementaci legislativy garantující rovný přístup ke vzdělání. Konkrétní opatření budou projednána koncem srpna meziresortní odbornou pracovní skupinou, kterou vytvoří zástupci ministerstva, ČŠI, kanceláře veřejného ochránce práv a vládní zmocněnkyně pro lidská práva. Navrhovaná opatření představí ministerstvo v září 2012.