Vyúčtování dotací za období od 1.1.2009 do 31.12.2009 je potřebné zaslat na MŠMT pokud možno již v lednu, nejpozději však do 15. února 2010 v elektronické i tištěné podobě na přiložených formulářích - formulář pro projekty z 1. kola ke stažení zde, formulář pro projekty z 2.kola ke stažení zde. (Formuláře obsahují vyúčtování i tiskové zprávy, které budou zveřejněny na webu MŠMT.) Elektronickou verzi je možné přiložit do dopisu nebo zaslat mailem na infodpmensiny@msmtcz, dopis má být adresován poskytovateli dotace: Mgr. Michaela Marksová, odbor 60 MŠMT, Karmelitská 7, 118 12 Praha 1, s označením "vyúčtování dotace DP menšiny a MKV - 1 kolo/2.kolo".
Při vracení dotací se postupuje podle rozhodnutí: Nevyčerpané finanční prostředky je příjemce povinen vrátit do státního rozpočtu v rámci vypořádání finančních vztahů se státním rozpočtem za rok 2009. V případě, že příjemce vrací nevyčerpané prostředky v průběhu kalendářního roku, ve kterém mu byla dotace poskytnuta, zasílá je na výdajový účet ministerstva, ze kterého byla dotace vyplacena, nebo v rámci finančního vypořádání vztahů se státním rozpočtem na účet cizích prostředků (depozitní účet) č. 6015-821001/0710. V případě finančních prostředků poskytnutých ministerstvem v měsících listopad a prosinec vrací příjemce dotace nevyčerpané prostředky zpět pouze na účet depozitní, ale nejdříve 1.1.2010. Jako variabilní symbol se používá číslo rozhodnutí. O uskutečněné vratce nevyčerpaných prostředků je příjemce povinen informovat avízem (forma není stanovena) poskytovatele prostředků a zároveň odbor 18 - hlavního účetního a metodiky účetnictví. Realizátoři projektu příspěvkové organizace, které obdržely finanční prostředky prostřednictvím zřizovatele, či krajského úřadu, zašlou vyúčtování včetně případné vratky finančních prostředků opět prostřednictvím kraje, dle požadavku kraje.