Cenu Františka Běhounka (dále jen „Cena“) uděluje ministr/ministryně školství, mládeže a tělovýchovy od roku 2012 výzkumnému pracovníkovi nebo výzkumné pracovnici, kteří svou účastí v projektech evropské spolupráce v oblasti výzkumu, experimentálního vývoje a inovací přispěli k propagaci a popularizaci svého vědního oboru a k šíření dobrého jména České republiky v Evropě.
Cena je pojmenována na počest významného českého fyzika, akademika a spisovatele prof. Františka Běhounka (28. října 1898 Praha – 1. ledna 1973 Karlovy Vary). Život Františka Běhounka je uveden v článku o jeho osobnosti zde.
Cena se uděluje každým rokem v návaznosti na vyhlášení výzvy k předkládání návrhů na udělení Ceny na webových stránkách Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR, ve které jsou uvedeny potřebné náležitosti k předkládání návrhů.
Návrh na udělení Ceny mohou zasílat vysoké školy, výzkumné ústavy, redakce odborných vědeckých časopisů nebo držitelé akademického titulu „profesor“ nebo „docent“. Obdržené návrhy pak posuzuje odborná komise složená z předních osobností české vědy, která ministrovi/ministryni navrhuje laureáta či laureátku ke schválení a k udělení Ceny.
Cena je spojena s předáním diplomu a finanční odměnou 250 000 Kč.
Slavnostní vyhlášení a předání Ceny probíhá tradičně v měsících listopad/prosinec obvykle v Senátu Parlamentu České republiky.