Financování projektů se provádí zásadně na národní úrovni. COST nedisponuje žádnými prostředky pro financování výzkumu, ale jen prostředky na koordinaci (pořádání zasedání Řídících výborů a refundace cestovních nákladů řádných účastníků, tisk dokumentů apod.). V České republice mohou být ze státního rozpočtu podporovány projekty COST, které byly vybrány na základě provedené veřejné soutěže ve výzkumu a vývoji. Administrace veřejné soutěže se provádí oddělením řízení mezinárodních programů VaVaI (oddělením 33).